Der Schilfsgürtel trägt durch Nährstoffentzug zu Selbsreinigung des Sees bei. Auch Rohrkolben, Großsegen, Igelkolben und Fieberklee gedeihen am seichten Seeufer, das ein unschätzbares Refugium für zahllose Wasserinsekten, Amphibien, Reptilien und Wasservögel ist. Schwimmen im geschützen Südteil des Sees oder Betreten des Schilfgürtels stören diesen Lebensraum. 

Der Vahrner See liegt in einer von lehmigen Moränenmaterial abgedichteten, abflußlosen Mulde. Er wurde von einem kleinen Quellbach gespeist und war maximal 2,2 Meter tief. Der geringe Wasseraustausch, der rege Badebetrieb und Belastung aus der Umgebung verursachten 1977 eine Nähstoffanreicherung und somit starkes Algenwachstum. Nur durch kostenspielige Sanierungsmaßnahmen () wie Mähen der Wasserpflanzen, Absaugen des Faulschlamms, teilweises Ausbaggern des Schilfmoors und Frischwasserzuleitung, konnte dieses beliebte Landschaftsjuwel gerettet werden ...